明永乐年间,刚正不阿的况钟奉皇帝旨意到苏州担任知府一职,在走马上任前,他接到朝廷重臣姚广孝下达的秘密指令,要他捉拿一名重要的朝廷逃犯并暗中处置。在执行任务的过程中,况钟惊讶地发现,所谓的逃犯竟然是流落民间的建文帝。
与此同时,医术并不高明的娄阿鼠因误治病人致其死亡,为了逃避责任,他逃到了无锡。在那里,他偶然间遇到了建文帝,令人意外的是,皇帝与这位市井小民相处得十分融洽。况钟在了解真相后,试图说服姚广孝放过这位曾经的先帝,最终姚广孝以自己的方式妥善解决了这一棘手的难题。
况钟在正式上任后,并未忘记十年前悬而未决的熊家积案,他一直不遗余力地追查真相。不久后,“十五贯奇案”发生,为了挽救四个无辜者的生命,况钟不惜以自己的官印作为抵押,坚持重新审理此案。经过一番努力,他终于将真正的元凶娄阿鼠绳之以法,关进了死牢,同时也为熊氏兄弟洗清了冤屈。
除此之外,况钟还揭露了娄万宝与当朝太子老丈人曹尚书勾结,私自开采煤矿,导致煤矿透水事故,造成数十名矿工死伤的罪行,并将相关证据呈报给了皇帝。最终,娄万宝当年火烧熊家的旧案真相也得以水落石出,大白于天下。