影片《妖怪大战争》的故事背景设定在日本,讲述了一个充满奇幻与冒险的旅程。主角是年仅10岁的忠志,因父母离异,他跟随母亲回到乡下与外公共同生活。在一次参拜神社的活动中,忠志意外被选为“麒麟送子”,这一殊荣意味着他有机会前往大天狗山顶,获取传说中由大天狗守护的、象征和平的飞剑。尽管同伴们对他能否完成这一挑战表示怀疑,忠志还是勇敢地踏上了前往山顶的征途,不过中途因恐惧而折返。
与此同时,一个邪恶的千年魔人加藤保宪悄然复活。他利用废旧物品的怨气,将它们与捕获的妖怪融合,创造出了一支强大的怪物军团,企图以此毁灭人类世界。在这危急关头,山神、河童和川姬等正义的妖怪挺身而出,帮助忠志通过了重重考验。
为了守护世界和平,忠志决定与这些妖怪们携手并肩,共同对抗加藤保宪及其怪物军团。一场惊心动魄的妖怪大战争就此拉开序幕,忠志与妖怪们并肩作战,誓要保卫人类世界免受邪恶势力的侵害。